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El Pingüino de Humboldt es una de las dos especies de pingüinos que habitan fuera de las frías temperaturas austro-polares. Su distribución comprende las áreas geográficas bañadas por la corriente de Humboldt, de ahí su nombre. Se trata de zonas muy afectadas por las fluctuaciones meteorológicas ocasionadas por los fenómenos de “El Niño y la Niña” (que provocan la subida y bajada, respectivamente, de las temperaturas acuáticas). Fenómenos que afectan a la corriente, y por lo tanto a los peces que nadan a mayor profundidad. El desastre para unos pingüinos que se alimentan precisamente de esos peces y que, al no poder alcanzarlos, tienen bastantes posibilidades de morir de hambre. Una de sus características es que forma colonias en islas protegidas del litoral, en compañía de otras aves guaneras. Allí anidan, excavando agujeros en el guano y la tierra salitrosa, o bien utilizando grietas existentes entre las rocas y las cuevas. Sus depredadores naturales, entre los que hay lobos marinos, tiburones, zorros y gaviotas, son capaces de comerse sus huevos y polluelos. Entre los enemigos que han sido introducidos en su hábitat con el tiempo hay perros, gatos y ratas.
La alimentación consiste, principalmente, en anchovetas. Ocasionalmente se nutren de calamares, camarones y otros peces pequeños.
Los pingüinos de Humboldt ponen dos huevos de diferente tamaño que son incubados por ambos padres durante 35 días, aproximadamente. Los pichones gozan de la protección del nido hasta que pasan 20 días. Es entonces cuando se unen con el resto de las crías y forman, entre todas ellas, grandes guarderías.